A képzeletbeli Japánban játszódó történet főhőse az okos és jószívű Kubo, aki azzal szórakoztatja kisvárosa lakóit, hogy különféle történeteket talál ki. Egy nap azonban véletlenül megidéz egy szellemet, s ez örökre megváltoztatja életét. A bosszúszomjas szellem elől való menekülésben segíti őt Majom és Bogár, s Kubo arra is fényt derít, hogy mi történt elesett édesapjával, aki a világ legjobb szamurája volt. Fegyverként magával viszi varázslatos hangszerét, a shamisent, mely hasznosnak bizonyul a bosszúszomjas Hold Királlyal és a gonosz lányikrekkel való megmérettetésben.