Michael Scofield reménytelen ember egy reménytelen helyzetben. Bátyját, Lincoln Burrowst bűnösnek találják egy brutális gyilkosságban, és a Fox Riveri Fegyházban várja a kivégzését. A bizonyítékok ellenére Michael hisz bátyja ártatlanságában. Mivel Lincoln szabadulására semmi remény, az óra pedig ketyeg a kivégzésig, Michael fegyveres rablást követ el egy bank ellen, hogy ő is sittre kerüljön a bátyja mellé. A terve őrültség, de beválik: a börtönt belülről alaposan kiismerve, mérnöki zsenialitása segítségével megpróbálja megszöktetni Lincolnt a fegyházból.

A filmsorozat minden részben feltár egy újabb kirakós darabot, hogyan viszi véghez Michael merész tervét, hogy a háttérből irányítva fényt derítsen az országos méretű összeesküvésre, aminek bátyja is az áldozata lett.