A Rejtjelek egy súlyos amnéziában szenvedő nőről (Jaimie Alexander) szól, akinek testét tetőtől talpig tetoválások borítják. A Time Square-n, egy sporttáskában találnak rá, amelyen csak egy felirat olvasható: "Kurt Weller FBI". Kezdetét veszi egy megdöbbentő, fordulatokkal teli, őrült kirakós játék, amely során kiderül, hogy minden egyes tetoválás egy-egy megoldandó bűntényre utal, és ami révén egyre közelebb kerülünk annak megfejtéséhez, hogy ki is a rejtélyes nő.