A második évadban John-117 szembeszáll a Szövetség néven ismert idegen fenyegetéssel. Egy kietlen bolygón történt megrázó eseményt követően John nem tud szabadulni az érzéstől, hogy a háborúja hamarosan megváltozik, és mindent kockára tesz, hogy bebizonyítsa, amit senki más nem akar elhinni: a Szövetség az emberiség legnagyobb erődítményének megtámadására készül. Miközben a galaxis a szakadék szélén áll, John útnak indul, hogy megtalálja az emberiség megmentésének vagy kihalásának kulcsát – a Halót.