A fekete vitorlák Flint kapitány és kalózinak történetét meséli el. A Kincses sziget előzménysorozata húsz évvel Robert Louis Stevenson klasszikusának eseményei előtt játszódik. Flint a hatalmas kincset ígérő, híres Urca De Lima után kutat, azonban a legfontosabb információt egy fiatal férfi megkaparintja előle, akit így kénytelen maga mellé venni. Legénysége egyre türelmetlenebb, így a kapitánynak nem csak a feladat terhével, de a lázadással is szembe kell néznie. Eközben a kalózok székhelye, Nassau is veszélybe kerül.