A Stargate Universe a 2006-ban véget ért Csillagkapu testvérsorozata. Az új sorozat ugyanazokkal a szereplőkkel folytatja a különleges lényeket és rejtélyeket felvonultató, bolygókon átívelő, izgalmas történet szálait. A Stargate Universe cselekménye a szupertitkos Icarus kutatóbázison kezdődik, ahol egy katonákból, tudósokból és civilekből álló legénység a bolygók közötti átjárásra alkalmas csillagkapuk eddig fel nem tört tárcsázási lehetőségeit kutatja. Miután pusztító támadás éri a bázist, a csapat a helyi csillagkapun át kénytelen elmenekülni. Egy már kihalt, magasan fejlett faj, az Ősök által készített, üres hajó, a Destiny fedélzetén találják magukat, ami a Földtől több száz galaxisnyi távolságra lévő pályán kering bezárva és a napból meríti az energiáját. Élelem, víz és levegő híján szinte reménytelennek tűnik a túlélés, főleg, hogy a csapat a hajó vezérlését sem ismeri. Ha életben akarnak maradni, valahogy fel kell törniük a hajó csillagkapujának a titkát. A számos kaland, veszély és remény közepette, ami a Destiny fedélzetén vár rájuk, kiderül, hogy kik a hősök közöttük és kik a gonoszak.