A Gotham középpontjában a Batman képregényekből ismert szereplők állnak, ha úgy tetszik, tekinthetjük a sorozatot amolyan "Batman-eredettörténet"-nek. Gotham városát nagy csapás éri, mikor a milliárdos Thomas és Martha Wayne rablógyilkosság áldozata lesz egy sikátorban. A gyilkos csak fiuk, Bruce életét kíméli meg. Az ügyet az újonc nyomozó, James Gordon kapja meg, aki megígéri Bruce-nak, hogy megtalálja szülei gyilkosát. A sorozatban feltűnik Joker, Méregcsók, Rébusz, Madárijesztő, Hugo Strange és Kétarc is.